A etiologia do ceratocone é multifatorial, envolvendo vários componentes genéticos, ambientais e socioeconômicos.
O seu surgimento e a sua piora estão associados ao ato de coçar o olho vigorosamente.
Pacientes com alergias (atópicos), como asma (bronquite), rinite, dermatite atópica e apneia obstrutiva do sono, têm um risco aumentado de desenvolver ceratocone e suas formas mais graves.
Além disso, o ceratocone pode ser hereditário. Quando um paciente tem ceratocone, em cerca de 15% das vezes algum familiar também apresenta a doença. Por esse motivo, é importante investigar precocemente os familiares desse paciente, e a orientação para não coçar os olhos deve ser reforçada.
Durante a gravidez, ocorrem alterações hormonais que podem causar o surgimento ou agravamento de um ceratocone pré-existente.
Algumas doenças sistêmicas, como a síndrome de Down, também estão associadas a um risco maior de desenvolver ceratocone.